De acuerdo con la Ley de Entidades Paraestatales, el gobierno del Instituto tiene una Junta de Gobierno que preside el Secretario de Salud, en su carácter de Coordinador del Sector, de la cual forman parte el Coordinador de los Institutos Nacionales de Salud, cuatro vocales, miembros distinguidos de la comunidad médica del país que tienen además experiencia administrativa, los representantes de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, un comisario de la Secretaría de la Función Pública, un representante del Sector Educativo, el Director General de Programación y Presupuesto de la Secretaría de Salud, un secretario y un prosecretario.

Las funciones que se confieren a la Junta de Gobierno son las siguientes: aprobar los programas y el presupuesto de la entidad y sus estados financieros, previo informe de los comisarios y del dictamen de auditores externos.

Nueva Dirección
El 20 de octubre del 2008, la doctora María Elena Medina-Mora Icaza fue designada como nueva Directora General del Instituto Nacional de Psiquiatría "Ramón de la Fuente Muñiz".

La Directora General nombrada por la Junta de Gobierno, tiene las siguientes facultades y obligaciones: administrar y representar legalmente a la entidad, formular el programa institucional a corto, mediano y largo plazo, así como los presupuestos y presentarlos para su aprobación al Órgano de Gobierno; formular los programas de trabajo, el estatuto orgánico y los manuales de organización, de procedimientos y de servicios, y ejecutar los acuerdos que dicte el Órgano de Gobierno.